匿名組合の利益の分配から、源泉徴収はいつ・いくら？（GK-TK・支払調書）

GK-TKでは、営業者の合同会社（GK）が、出資した匿名組合員に利益の分配を支払います。そのときGKは、所得税を差し引いて国に納める源泉徴収義務者になります。誰に払うかで、条文と納付書が変わります。

結論

匿名組合契約に基づく利益の分配を支払うときは、相手が居住者（個人）、内国法人、非居住者・外国法人のどれでも、原則として、支払の際に源泉徴収します（所得税法210条・212条）。税率は所得税20％で、復興特別所得税などを加えた20.42％です。納付の期限は、支払った月の翌月10日で、納期の特例の対象にはなりません。支払った分配は「匿名組合契約等の利益の分配の支払調書」にまとめ、支払の確定した日の属する年の翌年1月31日までに税務署に出します。

くわしく

誰に払うかで、条文と納付書が変わる

匿名組合員の人数にかかわらず、源泉徴収します。以前は、居住者・内国法人への分配は匿名組合員が10人以上の場合に限られていましたが、この要件は2008年1月1日以後の支払からなくなっています。古い資料の「10人以上」を前提にしないようにします。

20.42％の中身

所得税20％に、所得税額の2.1％にあたる復興特別所得税などを加えて、20％ × 1.021 ＝ 20.42％です。2026年までに生ずる所得は復興特別所得税2.1％、2027年以後に生ずる所得は復興特別所得税1.1％と防衛特別所得税1％で、合計の割合は変わりません（国税庁 No.2507、「防衛特別所得税及び復興特別所得税」に関するＱ＆Ａ）。所得税・復興特別所得税・防衛特別所得税は、1枚の納付書でまとめて納めます。

租税条約で日本での税率が軽減・免除される場合は、その所得税に復興特別所得税（2027年以後は防衛特別所得税も）はかかりません。

源泉徴収するのは、実際に支払うとき

源泉徴収するのは、利益の分配を支払うときです。ここでいう支払には、現金を渡すことのほか、元本に繰り入れる、預金口座に振り替えるなど、支払の債務がなくなる一切の行為が含まれます（所得税基本通達181〜223共-1）。

任意組合などの組合契約事業の利益の配分には、計算期間の末日の翌日から2か月を経過する日までに支払わなければ、その日に支払ったものとみなす規定があります（所得税法212条5項）。この規定は、161条1項4号の組合契約事業の利益の配分のためのもので（所得税基本通達212-6）、匿名組合の利益の分配に当てはめません。

源泉徴収の対象は「利益の分配」です。出資の払戻しとして支払うものは、利益の分配に含まれません（所得税基本通達36・37共-21）。損失を負担させるだけで、支払う利益の分配がない計算期間には、源泉徴収もありません。

営業者（GK）と匿名組合員の、法人税・所得税での扱い

• 営業者のGKは、匿名組合員に分配すべき利益の額を損金の額に算入します（法人税基本通達14-1-3）
• 匿名組合員が法人の場合は、現実に分配を受けていなくても、計算期間の末日の属する事業年度の益金の額に算入します（同通達）。差し引かれた所得税は、法人税の額から控除できます（所得税額控除、法人税法68条）
• 匿名組合員が個人の場合は、原則として雑所得です。営業者とともに事業を経営していると認められる場合は、事業所得などになります（所得税基本通達36・37共-21）。差し引かれた所得税は、確定申告で精算します

外国の匿名組合員と、租税条約

近年の租税条約には、匿名組合契約から生ずる所得について、所得が生じた国（日本）の法令に従って課税できる、という規定が入っているものがあります（日英、日豪、日米の租税条約など）。扱いは条約ごとに違うため、相手の居住地国との条約の規定を個別に確かめます。

条約による軽減・免除を受けるには、匿名組合員が「租税条約に関する届出書」を、最初に支払を受ける日の前日までに、支払者（GK）を経由して、GKの所轄税務署長に出します（国税庁 No.2888）。届出書が出ていないときは、国内法の税率（20.42％）で源泉徴収し、匿名組合員が後で還付を請求することになります。

数字の例

GKの事業年度と匿名組合の計算期間は、どちらも2026年4月1日から2027年3月31日までです。この期間の利益のうち、匿名組合員に分配する額は3,000万円で、居住者の個人A、内国法人B、外国法人Cの3者に1,000万円ずつ、2027年5月20日に支払います。外国法人Cの居住地国との租税条約では、日本の法令に従って課税されるものとします。

「復興特別所得税など」は、所得税額の2.1％にあたる復興特別所得税・防衛特別所得税です。検算すると、1,000万円 × 20.42％ ＝ 204万2,000円、204万2,000円 ＋ 795万8,000円 ＝ 1,000万円です。

GKが2027年6月10日までに納める額は、利子等の所得税徴収高計算書で408万4,000円（A・Bの分）、非居住者・外国法人の所得についての所得税徴収高計算書で204万2,000円（Cの分）、合わせて612万6,000円です。3,000万円 × 20.42％ ＝ 612万6,000円で一致します。

GKの法人税の計算では、分配すべき利益3,000万円を、2026年4月〜2027年3月の事業年度の損金に算入します。内国法人Bは、計算期間の末日（2027年3月31日）の属する事業年度の益金に1,000万円を算入し、差し引かれた所得税を、その事業年度の法人税の額から控除します。

期限と注意

• 源泉徴収した税額は、支払った月の翌月10日までに納めます。期限が土日祝日に当たるときは、翌日（休日明け）が期限です。納付が遅れると、不納付加算税や延滞税がかかることがあります
• 給与などの源泉所得税について納期の特例（年2回にまとめて納める制度）の承認を受けていても、匿名組合の利益の分配は対象外です。特例の対象は、給与・退職手当等と、税理士などの一定の報酬・料金から源泉徴収した税額に限られます（所得税法216条、国税庁 No.2505）。分配から差し引いた税額は、分配を支払うたびに、翌月10日までに納めます
• 支払調書は、支払の確定した日の属する年の翌年1月31日までに、GKの納税地を所轄する税務署長に出します（所得税法225条1項）
• 外国の匿名組合員がいるときは、租税条約に関する届出書が最初の支払の前日までに出ているかを、分配の前に確かめます
• 分配の計算（ウォーターフォール）、支払日、源泉徴収の納付期限、支払調書の提出期限は、ビークルの期限一覧（年間コンプライアンスカレンダー）に並べます。会計・税務事務を途中で引き継ぐときは、源泉徴収の記録と届出書の控えも引き継ぎます（運営中のSPC・ファンドの会計・税務事務を引き継ぐ）

根拠

• 所得税法（e-Gov 法令検索） 第161条第1項第16号（匿名組合契約等に基づく利益の分配）、第210条・第211条（居住者への匿名組合契約等の利益の分配に係る源泉徴収）、第212条第1項・第3項・第5項（非居住者・法人の所得に係る源泉徴収）、第216条（納期の特例）、第225条第1項（支払調書）
• 国税庁 所得税基本通達「法第181条から第223条まで（源泉徴収）共通関係」（181〜223共-1 支払の意義）
• 国税庁 所得税基本通達（212-6）
• 国税庁 所得税基本通達（36・37共-21）
• 国税庁 法人税基本通達「組合事業による損益」（14-1-3）
• 国税庁 No.2884「非居住者等に対する源泉徴収・源泉徴収の税率」
• 国税庁 No.2505「源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例」
• 国税庁 No.2507「復興特別所得税の源泉徴収」
• 国税庁 No.2888「租税条約に関する届出書の提出（源泉徴収関係）」
• 国税庁「防衛特別所得税」及び「復興特別所得税」に関するＱ＆Ａ（令和8年5月）
• 国税庁 F1-15「匿名組合契約等の利益の分配の支払調書（同合計表）」
• 国税庁「法定調書の種類及び提出期限」
• 国税庁 納付書の記載のしかた（利子等の所得税徴収高計算書）
• 国税庁 納付書の記載のしかた（非居住者・外国法人の所得についての所得税徴収高計算書）
• 国税庁「平成19年分 所得税の改正のあらまし」（匿名組合員の人数要件の撤廃）

制度・一次資料の確認日：2026年10月28日。源泉徴収の要否と税率は、匿名組合員の居住地、租税条約、届出書の提出状況、支払の内容に応じて確かめます。