社団・財団の法人税は、どこまでかかるか — 一般・非営利型・公益の違いと収益事業の判定

結論

法人税がかかる範囲を決めるのは、税率ではなく法人の形と、行う事業が収益事業にあたるかどうかです。公益認定を受けていない一般社団法人・一般財団法人は、非営利型法人の要件を満たせば収益事業から生じた所得だけに課税され、満たさなければ普通法人として、会費や寄附金を含むすべての所得に課税されます。公益社団法人・公益財団法人も収益事業の所得だけに課税されますが、公益目的事業は収益事業から除かれ、収益事業から公益目的事業へ支出した額を寄附金とみなす特例（みなし寄附金）もあります。

非営利型法人の要件は、定款の定め、理事の構成、運営の実態で決まり、満たさなくなった時点で普通法人に変わります。設立のときだけでなく、理事の改選や定款の変更のときと、毎年の運営の中で確かめます。

制度と根拠 — 3つの区分と、法人税がかかる範囲

一般社団法人・一般財団法人は、登記だけで設立できます。公益社団法人・公益財団法人は、一般社団法人・一般財団法人が行政庁（内閣総理大臣または都道府県知事）の公益認定を受けたものです。法人税では、次の3つに分かれます。以下、公益社団法人・公益財団法人を「公益」、非営利型法人にあたる一般社団法人・一般財団法人を「非営利型」、それ以外の一般社団法人・一般財団法人を「普通法人型」と呼びます。

公益と非営利型は、法人税法では「公益法人等」にあたり、収益事業から生じた所得にだけ法人税がかかります。普通法人型は、株式会社と同じ普通法人として、会費や受け取った寄附金も含めたすべての所得に法人税がかかります（国税庁「一般社団法人・一般財団法人と法人税」）。

税率は、どの区分も普通法人と同じ表で決まります（国税庁 No.5759「法人税の税率」）。区分によって違うのは、税率ではなく、課税される所得の範囲です。

受け取る預貯金の利子などの源泉所得税は、公益は所得税法の別表第一に掲げる法人として、かかりません（所得税法11条1項）。一般社団法人・一般財団法人は、非営利型でも普通法人型でも、この非課税はありません（国税庁「新たな公益法人関係税制の手引」）。

非営利型法人の要件

非営利型法人には2つの型があり、どちらかの要件をすべて満たすと、手続きなしに非営利型として扱われます（法人税法2条9号の2、法人税法施行令3条。国税庁「非営利型法人の要件」）。

定款に定めを置くだけでは足りません。定款の定めに反する行為や特別の利益を与えることがないこと、共益的活動を目的とする法人では、会員に共通する利益を図る活動が主たる目的で、主たる事業として収益事業を行っていないことなど、運営の実態も要件に入ります（法人税法施行令3条1項3号、2項1号・3号・6号）。

理事の親族等の割合は、理事1人ずつについて、本人を含めて数えます。理事が2人以下だと、本人だけで3分の1を超えるため、非営利型にするには理事を3人以上置きます。

収益事業にあたるか

法人税の「収益事業」は、法人税法施行令5条1項に並ぶ34の事業（物品販売業、不動産貸付業、請負業、出版業、席貸業、駐車場業など）で、継続して事業場を設けて行われるものです（法人税法2条13号）。

• 目的では判定しません。 公益のための活動か、会員向けの活動かではなく、34の事業のどれかにあたるかで判定します（国税庁 法人税基本通達 第15章「公益法人等及び人格のない社団等の収益事業課税」）。
• 公益は、公益目的事業を除きます。 行政庁の認定を受けた公益目的事業は、34の事業にあたっても収益事業に含めません（法人税法施行令5条2項1号）。

公益認定法でいう「収益事業等」（公益目的事業以外の事業）と、法人税の「収益事業」（34の事業）は、範囲が違う別の言葉です。公益の法人では、2つの物差しで事業を分けることになります。

数字で比べる — 同じ法人が、区分によってどう変わるか

ある社団法人の1年間の事業ごとの所得（収入から、その事業に直接かかった費用を引いた額）が、次のとおりだとします。説明のため、共通費の配賦と、税額の計算は省きます。

計算は次のとおりです。

• 普通法人型：400万円 ＋ 300万円 ＋ 200万円 ＋ 300万円 ＝ 1,200万円
• 非営利型：200万円（書籍の販売）＋ 300万円（駐車場）＝ 500万円。検算すると、1,200万円 − 400万円（会費）− 300万円（寄附金）＝ 500万円で一致します
• 公益：書籍の販売は公益目的事業として収益事業から除かれ、駐車場の300万円だけが残ります

公益がこの駐車場の利益300万円を、公益目的事業のために支出したとします。この支出は寄附金とみなされ、次の多いほうまで損金に算入できます（法人税法37条5項）。

• 所得の50％：300万円 × 50％ ＝ 150万円
• 公益法人特別限度額：公益目的事業の実施のために必要な額（みなし寄附金の額が上限）

50％までなら、課税される所得は 300万円 − 150万円 ＝ 150万円です。公益目的事業に必要な額が300万円以上あれば、300万円全額を損金に算入でき、課税される所得は0円になります。公益法人特別限度額を使うときは、計算の明細を申告書に添付します。

実務の流れ — 設立から毎年の申告まで

1. 設立前 — どの区分にするかを決め、定款に要件を入れる

非営利型にするなら、定款に剰余金を分配しない旨と残余財産の帰属先を定め、理事を3人以上にして、親族等の割合が3分の1以下になる構成にします。公益認定を目指すなら、法人税だけでなく、公益認定の基準（公益目的事業比率、中期的収支均衡、使途不特定財産の保有制限など）から逆算して設計します。

普通法人型は、設立の日以後2か月以内に法人設立届出書を出します（国税庁「内国普通法人等の設立の届出」）。非営利型と公益は、この届出の対象ではありません。

2. 収益事業を始めたら — 届出と区分経理

非営利型と公益が新たに収益事業を始めたときは、開始した日以後2か月以内に「収益事業開始届出書」を所轄税務署に出します。開始した日の収益事業の貸借対照表と、定款の写しなどを添えます（法人税法150条。国税庁「公益法人等又は人格のない社団等の収益事業開始等の届出」）。

経理は、収益事業から生じる所得と、それ以外の所得に分けて行います（法人税法施行令6条）。両方に共通する費用（事務所の家賃、事務局の人件費など）は、面積や従事時間などの合理的な基準で配賦します。公益は、これとは別に、公益認定法の区分（公益目的事業会計・収益事業等会計・法人会計）でも経理します。

3. 毎年 — 申告と提出の期限

損益計算書等の提出は、租税特別措置法68条の6によるものです（租税特別措置法（e-Gov 法令検索））。8,000万円は、事業収入・会費・寄附金・基本財産の運用益などを合計して事業年度ごとに判定し、土地・建物の売却のような臨時的な収入は除きます（国税庁「新たな公益法人関係税制の手引」）。公益の事業報告等は、令和7年4月1日以後に開始した事業年度から、改正後の財務規律に沿った様式で作ります（内閣府「定期提出書類の手引き 公益法人編」）。

消費税は、法人税の区分とは別に、課税売上高などで納税義務を判定します。

4. 毎年 — 非営利型の要件を外れていないかを確かめる

非営利型の要件は、満たさなくなった時点で、申請や承認なしに普通法人に変わります。たとえば、理事の改選で親族等の割合が3分の1を超えた、定款を変えて残余財産の定めを外した、特定の個人・団体に特別の利益を与えた、といった場合です。

普通法人に変わると、それまで課税されなかった収益事業以外の所得の累積額（累積所得金額）を、その事業年度の益金に算入します（法人税法64条の4。国税庁 質疑応答事例「公益法人等が普通法人に移行する場合の法人税の取扱い」）。長く続いた法人ほど、累積額が大きくなります。所轄税務署への届出も必要です。理事の候補者を決める段階と、定款を変える前に、要件を確かめます。

よくある失敗

• 一般社団法人なら、当然に非営利型だと思ってしまう。 定款の定めと理事の構成がそろい、運営の実態も要件に沿っていなければ、普通法人として会費や寄附金にも法人税がかかります。
• 理事を2人で設立してしまう。 親族等の割合は理事1人ずつ本人を含めて数えるので、2人以下では要件を満たせません。
• 公益のための活動だから、収益事業にはあたらないと考えてしまう。 34の事業にあたるかで判定します。公益の法人でも、公益目的事業として認定されていない事業は、収益事業になることがあります。
• 会費・寄附金と収益事業の収入を、同じ帳簿に混ぜてしまう。 区分経理ができていないと、収益事業の所得を説明できません。共通費の配賦の基準も記録に残します。
• 収益事業がないから、何も出さなくてよいと思ってしまう。 年間の収入金額が8,000万円を超えれば損益計算書等の提出が要り、公益は毎年の事業報告等があります。
• 法人税の「収益事業」と、公益認定法の「収益事業等」を同じものとして扱う。 範囲が違うので、事業ごとに両方の物差しで確かめます。

私たちの対応

当法人では、法人の区分の選択と非営利型法人の要件の確認、収益事業の判定、区分経理と共通費の配賦の設計、法人税の申告と損益計算書等の提出、公益法人の定期提出書類の作成支援まで対応します。設立前でも、すでに運営中で区分があいまいなままの法人でも、ご相談いただけます。

定款の作成や登記は、提携する司法書士などの専門家と連携して進めます。支援内容は財団・公益法人の設立・会計・税務のページをご覧ください。

関連する論点

• 収益事業の34業種の判定（会費・セミナー・会館の貸付けなど）
• 非営利型法人の要件を満たす定款の定めと、理事の構成の決め方
• みなし寄附金と公益法人特別限度額の計算
• 公益法人の財務規律（公益目的事業比率・中期的収支均衡・使途不特定財産の保有制限）
• 財団に財産を拠出したときの譲渡所得と、非課税の特例（租税特別措置法40条）
• 消費税の特定収入と、仕入税額控除の調整

制度・一次資料の確認日：2026年10月27日。国税庁の手引のうち「新たな公益法人関係税制の手引」は平成24年9月、「一般社団法人・一般財団法人と法人税」は平成26年3月の版で、現行の取扱いは国税庁のタックスアンサー・通達・質疑応答事例とあわせて確認しています。個別の判定は、定款・理事の構成・運営の実態・事業の内容に応じて確認します。